Teenage Mutant Ninja Turtles

Da Shredder slår sig sammen med Kraang'erne for at få fingre i noget mutagen, bliver paddernes problemer kun værre - og deres venskab med April bliver endda sat på spil.

Da padderne står over for Shredders nyeste trussel, en hær af robotfodsoldater, fanger Karai Leonardo og tvinger ham til at kæmpe mod de nye og forbedrede ninjaer der kan tilpasse sig alle hans træk.

Padderne tager et muteret egerne med tilbage til hulen. Da den begynder at flerdoble sig selv, må de fange egernmutanterne og forhindre at de slipper løs i byen.

Donatello esperimenterer utrætteligt med mutagen for at finde en kur til Aprils muterede far. Uheldigvis bringer der April i fare for en ny trussel - Mutagenmanden!

Michelangelo er træt af at være paddernes problembarn. Men da han leger med noget mutagen, får han en farlig infektion der muterer vildt og voldsomt.

April forsøger at genoptage sit normale teenageliv, men da Karai begynder at jagte hende igen, indser hun at hun måske også bliver nødt til at udsætte sin ven Casey Jones for fare.

Padderne bliver pludselig jagtet af en ny trussel - endnu en mutant-skildpadde med navn Slash, der har et personligt regnskab at gøre op med brødrene.

April føler sig holdt uden for paddernes arbejde og insisterer på at komme med dem på mission til TCRI, hvor de opdager en chokerende hemmelighed om Aprils fortid.